داستان محمد سلطان فتوحات حول شخصیت محمد دوم، معروف به محمد فاتح، می‌گردد. او به عنوان فرزند سلطان مراد دوم، در سن ۱۲ سالگی به تخت می‌نشیند و از همان زمان، باید با فشارهای داخلی و تهدیدات خارجی روبرو شود. این سریال با پردازش شخصیت محمد به عنوان فردی جاه‌طلب و مصمم، سعی در به تصویر کشیدن تلاش‌های او برای فتح قسطنطنیه دارد، شهری که فتح آن رؤیای هر سلطان عثمانی بود. اما در کنار این ماجرای بزرگ، سریال وارد عمق بیشتری از زندگی شخصی و تعاملات محمد می‌شود، جایی که ما او را در رویارویی با خیانت‌ها، دسیسه‌ها و حتی احساسات شخصی می‌بینیم. این سریال، نه تنها صحنه‌های نبرد باشکوه را به نمایش می‌گذارد، بلکه به روابط عاطفی و تصمیم‌گیری‌های استراتژیک او نیز می‌پردازد و مخاطب را به دنیای پیچیده و گاه بی‌رحم سلطنت عثمانی می‌برد.