«لینکلن باروز» به جرمی که مرتکب نشده، یعنی قتل برادر معاون رئیس‌جمهور، دستگیر و به اعدام محکوم شده است. در حالی که زمان به سرعت برای اجرای حکم «لینکلن» می‌گذرد، برادر کوچکترش، «مایکل اسکافیلد»، یک مهندس سازه نابغه، به بی‌گناهی او اطمینان کامل دارد. «مایکل» با علم به اینکه سیستم قضایی راهی برای اثبات بی‌گناهی برادرش ندارد، تصمیم می‌گیرد شخصاً برای نجات او اقدام کند.
